新疆拥有众多历史悠久的古城遗址，以下是一些著名的古城：
楼兰古城：
位于巴音郭楞蒙古自治州若羌县北境，罗布泊以西，孔雀河道南岸7公里处。楼兰古城是古代丝绸之路上的重镇，曾经繁华一时，但后来神秘消失，只留下了许多未解之谜。
交河故城：
位于吐鲁番市以西13公里的一座岛形台地上。这座古城曾是古代西域三十六国之一的车师前国的都城，历史悠久，文化底蕴深厚。
高昌故城：
位于吐鲁番市东部40多公里的三堡乡，曾是古代西域的政治、经济、文化中心之一。这座古城保存了大量的历史遗迹和文物，是研究新疆历史和文化的重要资料。
北庭故城：
位于昌吉回族自治州吉木萨尔县以北约10公里处，是唐代北庭都护府的治所。这座古城曾是古代西域的政治、军事、经济、文化中心之一，也是丝绸之路北道的重要交通枢纽和商贸中心。
龟兹故城：
位于阿克苏地区库车县境内，是古代西域三十六国之一龟兹国的都城。这座古城历史悠久，文化底蕴深厚，是研究新疆古代历史和文化的重要遗址之一。
焉耆故城：
位于巴音郭楞蒙古自治州焉耆回族自治县境内，是古代西域三十六国之一焉耆国的都城。
米兰古城：
古代米兰是塔克拉玛干沙漠南面的一个古代绿洲城市，座落于罗布泊与阿尔金山脉的交会处，是丝绸之路南道的一个进出中亚的重要通道。
塔什库尔干石头城遗址：
位于喀什地区塔什库尔干塔吉克自治县，是古代丝绸之路上的一座重要古城遗址。
斯皮尔古城：
位于塔克拉玛干沙漠中心，沉睡1800年之后重新被发现，成为新疆数百座古城遗址中的一员。
这些古城遗址不仅展示了新疆丰富的历史文化，也是研究古代西域文明的重要资源。