周琦在新疆的年薪为税前600万元。根据2023年7月11日的报道，周琦与新疆队签订了一份顶薪满额的合同，年薪为税前600万元。这一数字也符合CBA公司关于国内球员顶薪的规定，即最高工资为600万元每年，同时考虑到新疆队所在的地方问题，CBA公司还给新疆队进行了特别对待，最高工资有上调20%的空间，即最多可以达到720万元每年。
尽管之前有报道称周琦在2019-2020赛季和2020-21赛季从新疆男篮拿到了固定工资高达3988.8万元，但这些数字可能包含了各种奖金、签字费和其他补贴，并不只是基本年薪。此外，周琦的年薪情况根据不同的报道有所出入，但根据2023年3月28日的报道，周琦的两个赛季工资总额接近四千万人民币，其中国外进口营养费九百多万。
综上所述，周琦在新疆的年薪为税前600万元，这一数字是基于最新且权威的报道得出的。