孔令辉涉讼的主要问题是 涉嫌拖欠赌债。具体来说，孔令辉被新加坡滨海湾金沙酒店娱乐场的经营公司诉至香港高等法院，追讨二百多万港元的赌债。他在声明中澄清自己并非在赌场赌博，而是亲朋好友去新加坡赌场娱乐，自己只是在旁边观看，但帮他们取筹码时留下了私人信息，导致被卷入诉讼。

此外，孔令辉的行为被认为严重违反了国家公职人员管理相关规定和纪律要求，因此中国乒乓球协会决定暂停他的中国女乒主教练工作，并要求他立即回国接受进一步调查和处理。