尼奥在电影《黑客帝国》中能够飞的原因是因为 爱情。在剧情中，尼奥在极端绝境下实现了自我认知突破，从而获得了超能力，包括飞翔。导演通过矩阵系统设计师的嘴隐晦地交待了原因，即因为爱情，尼奥输出能量太多，导致飞翔这种超能力暂时性。

此外，还有另一种解释，即尼奥是电脑系统中的一个漏洞，因为他是漏洞，所以拥有系统中其他程序所没有的权限，也就是表现出来的能飞什么的。而那些特工就是杀毒软件，要不断地去补这些漏洞。

综合来看，尼奥飞翔的能力主要是因为他在爱情的力量下实现了自我认知突破，从而获得了超能力。