亚冠联赛分为东亚和西亚两个赛区的主要原因有以下几点：
地理和时间差异：
亚洲地理面积辽阔，东西亚之间存在较大的时差和距离差异，这会影响到球队之间的比赛安排和备战。将比赛分为东西亚两个赛区可以避免过早相遇，给各球队更充分的准备时间。
联赛赛制差异：
东亚和西亚的联赛赛制不同，西亚联赛多为跨年度制，而东亚联赛多为跨年制。这种差异导致在8强或小组赛阶段东西亚球队相遇时，西亚球队的竞技状态和转会情况可能受到较大影响。因此，分开比赛有助于保证西亚球队在决赛前能有更好的表现。
实力不均衡：
东亚地区的俱乐部在投入、职业联赛发展等方面相对较强，而西亚俱乐部虽然投入巨大，但在整体实力上相对较弱。通过分区比赛，可以避免东亚球队过早与西亚强队相遇，从而确保西亚球队至少有一个名额进入决赛，增加其争冠的机会。
西亚足球的团结性：
西亚各国在足球上相对团结，而东亚各国则存在相互猜疑和不信任的情况。分区比赛有助于西亚球队在亚足联中形成统一的力量，增强其在决策和政策上的话语权。
历史和政治因素：
亚足联长期以来由西亚人把控，特别是在2002年之后，亚足联的话语权已经被西亚控制。实行东西亚分区可以被视为西亚人为了维护自身利益而采取的一种策略，以确保西亚球队在亚冠联赛中能有更好的表现和更多的夺冠机会。
综上所述，亚冠联赛分为东亚和西亚两个赛区主要是为了解决地理和时间差异、联赛赛制差异、实力不均衡、西亚足球的团结性以及历史和政治因素等问题。然而，这一赛制也引发了东亚国家的反对和质疑，认为这并不公平，但亚足联并未因此改变这一政策。