上海上港队频繁发生冲突的原因是多方面的，主要包括以下几点：
球员压力与情绪管理
热身赛期间，球员普遍带有强烈的证明欲，想要在新赛季前展现自己的实力。这种压力下，一点火星就可能引发燎原之势。
球队管理漏洞
40人参与斗殴说明球队管理存在重大漏洞，安保措施形同虚设。
职业素养缺失
职业球员的素质教育明显跟不上，遇事只会用拳头说话。这起事件折射出中国足球的三大顽疾之一，即职业素养严重缺失。
俱乐部管理混乱
一支正常运转的职业球队，绝不会出现如此失态的场面。俱乐部管理混乱是导致冲突频发的重要原因之一。
足协监管不力
类似暴力事件屡禁不止，说明处罚力度远远不够。这次事件必须从重处罚，否则类似事件还会重演。
个人行为
有时冲突是由个别球员的冲动行为引起的，例如徐新丢球后立刻报复对手。
历史恩怨
上海上港与其他球队，如广州恒大，之间存在历史恩怨，这些恩怨可能会在比赛中被激化。
更衣室管理
主教练哈维尔为了镇住更衣室，不惜给了“崇明系”的老将们更多的登场时间，此举无疑在很大程度上消耗了球队的实力，也可能导致更衣室内的矛盾。
综上所述，上海上港队频繁发生冲突的原因是多方面的，包括球员压力、球队管理漏洞、职业素养缺失、俱乐部管理混乱、足协监管不力、个人行为、历史恩怨以及更衣室管理问题。要解决这些问题，需要从多个层面入手，包括加强球员的心理辅导、完善球队管理制度、提高职业素养、加强足协监管等。