在3D彩票中，只选择两个号码进行投注是不中奖的。根据规则，3D彩票需要选择三个号码，并且这三个号码的顺序也要与开奖号码的顺序相匹配，才能视为中奖。因此，无论是单选、组选3还是组选6，只要选择的号码不全中，或者顺序不正确，都是不中奖的。
具体来说，3D彩票的投注金额为每注2元，而中奖金额则根据不同的投注方式有所不同。单选玩法要求三个号码全部相同，中奖金额为每注1040元；组选3玩法要求有两个号码相同，且顺序不限，中奖金额为每注346元；组选6玩法要求三个号码各不相同，中奖金额为每注173元。
因此，如果只选择两个号码进行投注，无论是哪种玩法，都是不会获得奖金的。