马云在恒大足球队的股份比例经历了变化。最初，在2014年，马云以12亿元人民币购买了广州恒大足球俱乐部50%的股份，与恒大集团各占50%。然而，后来恒大集团进行了增资，股权比例发生了变动。

具体来说，在2015年，恒大集团对俱乐部进行了增资，增资后恒大集团持有俱乐部60%的股份，阿里巴巴集团持股40%。因此， 马云通过阿里巴巴集团持有广州恒大淘宝足球俱乐部37.81%的股份。

建议关注相关公司的官方公告和财报，以获取最新的股权结构信息。