周琦之所以不代表河南参加全运会，主要原因如下：

辽宁培养：

周琦在七八岁时就到辽宁阜新篮球学校开始训练，是辽宁培养出来的队员。他的个人关系一直在辽宁省体育局，并且已经入籍沈阳，因此代表辽宁省打全运会是很自然的事情。

青训体系：

周琦在辽宁的青训体系中成长，虽然他后来加盟了新疆队，但篮协也默认他是辽宁青训球员。按照全运会体系，周琦属于辽宁体育局。

个人选择与规则：

周琦作为职业球员，虽然代表新疆队打CBA，但根据全运会的规则，所有运动员都必须为培养自己的体育局效力。周琦已经入籍辽宁，因此代表辽宁打全运会是规则所限，也是他应尽的义务。

河南省缺少系统正规的篮球青训体系：

周琦出生在河南，但由于河南缺少系统正规的篮球青训体系，他的父亲在周琦很小的时候就将他送到辽宁进行系统的训练和比赛。因此，从成长经历和青训体系的角度来看，周琦更倾向于代表辽宁。

综上所述，周琦代表辽宁参加全运会是基于他从小在辽宁接受培养、入籍辽宁以及全运会规则的要求。虽然他出生在河南，但由于河南缺乏正规的篮球青训体系，他最终选择了代表辽宁参赛。