周琦在CBA联赛中曾效力于 新疆队和 辽宁队。周琦于2014年1月2日正式与新疆队完成签约，并在2014—2015赛季身披新疆男篮的战袍征战CBA联赛。在新疆队期间，周琦表现出色，曾获得2014-2015赛季CBA联赛最佳新人奖，并帮助新疆队夺得2016-2017赛季CBA联赛总冠军。2019年2月7日，周琦决定加盟辽宁男篮，并于同年8月13日与新疆队续约，新赛季继续留在CBA联赛。2023年2月17日，周琦因与新疆广汇篮球俱乐部有限公司存在合同争议，恢复了“自由身”。2024年3月18日，周琦再次代表新疆伊力特篮球队参加CBA联赛。
因此，周琦在CBA联赛中曾效力于新疆队和辽宁队，目前（2025年）他再次加盟了新疆队。