击剑馆的管理部门主要取决于其性质。

营利性击剑馆:

需要到工商部门进行登记。

非营利性击剑馆:

则可以到民政部门办理民办非企业单位登记。

此外,如果是隶属于体育系统的击剑馆,如中国自行车运动协会下属的击剑项目,则归国家体育总局自行车击剑运动管理中心管理。

因此,具体到某个击剑馆归哪个部门管理,需要根据其注册性质和是否隶属于体育系统来判断。