迈克尔·乔丹在耐克公司持有的股份情况如下：

初始股份：

1988年，乔丹与耐克签订了终身合同，并获得了耐克公司4.5%的股份。

股份转换：

2003年，由于乔丹经常干涉AJ系列的运营，双方经过商讨，耐克将旗下的AJ系列独立，成立新品牌。作为交换，乔丹在耐克的4.5%股份转化成了AJ每年利润的66.7%。

后续股份变动：

合同到期后，匡威、阿迪达斯等巨头加入了争夺乔丹的行列，匡威以公司4.5%的股份作为报酬。耐克为了留住乔丹，匹配了匡威的报价，于是乔丹成为了耐克的大股东之一。

综上所述，乔丹在耐克公司最终持有的股份为 4.5%的股份，但这4.5%的股份已经转化为AJ系列每年利润的66.7%的分红权。