2025年日乙联赛共有 22支球队参赛，整个赛季要进行44轮。在漫长的赛季中，所有俱乐部都会选择在中间阶段进行休整，并且举办一系列的粉丝回馈活动。在这种情况下，大部分球队都会选择相对保守的打法，力求以不败的成绩给联赛上半阶段收官。因此平局的场次会稍多，这对于彩民来说是个不错的博高赔机会。
联赛前两名获得直接升级资格，第三至六名进行升级附加赛，首轮由第三对第六、第四对第五，进行单场淘汰赛，排名较高的球队不仅有主场优势，还享受“打平为胜”的待遇；联赛倒数第一名直接降级，倒数第二名与JFL联赛（第三级联赛）第二名进行附加赛，胜者获得日乙参赛资格。