柯洁在对局中两次未按照韩国围棋规则将提子放入棋盒盖内，因此被裁判罚两目。第一次违规发生在第18手，裁判在比赛进行到第44手时才发现并宣布罚两目。第二次违规发生在第80手，被对手卞相壹举报，柯洁因此被判负。

根据韩国棋院的规定，如果提子没有放在棋盒盖内，首次将判罚两目，再犯将直接判负。柯洁在比赛中首次违规被罚两目，尽管他迅速调整心态并重新取得优势，但第二次违规直接导致判负。

建议柯洁在未来的比赛中注意遵守韩国围棋的规则，以避免类似的争议和处罚。