3D游戏中，选择6个号码进行复式投注， 需要支付40元人民币。复式投注意味着玩家选择的号码覆盖了从1到6的所有数字，因此需要20注来构成完整的复式投注。每注的投注金额为2元，所以总费用是20注乘以2元/注，等于40元。
在中奖规则方面，只有当开奖号码中包含玩家选择的任意三个数字时，才会被视为中奖。这种投注方式被称为组六。需要注意的是，组三和爆子（即三个数字中有两个数字相同）并不被视为中奖情况。
综上所述，对于3D游戏中6个号码的复式投注，玩家需要支付40元人民币。这种投注方式提供了20注的中奖机会，但只有当至少有三个数字出现在开奖号码中时，玩家才能获得奖金。