孙杨与教练朱志根之间的矛盾主要围绕以下几个方面：
恋爱问题：
2013年1月，孙杨被曝出与一位空姐恋爱，这成为师徒矛盾的一个重要导火索。孙杨在承认恋情后，曾表示希望更换教练。
训练方法和管理方式：
孙杨认为朱志根的训练方法落后，希望教练能换一种思想来看待他，并希望有自己的时间支配，而不是每天像小孩子一样受到教练的严格管理。而朱志根则批评孙杨因恋爱而耽误训练，并曾表示不想带他。
态度和沟通问题：
在训练场上，孙杨因不满朱志根的训练方法和管理方式，曾说出过激语言，并声称想要换组。朱志根则回应称：“我本来就不想带你，从今天起不带你了。”
个人成长与教练期望：
孙杨随着年龄的增长，希望教练能理解他的需求和想法，而朱志根则希望孙杨继续保持以前的训练状态。
外界压力和影响：
除了师徒之间的矛盾外，孙杨还面临来自外界的压力和影响，如赞助商工作人员未经允许进入训练场馆，引发了与朱志根的肢体冲突。
尽管存在这些矛盾，孙杨和朱志根最终在一次公开场合和解，并深情拥抱。然而，这些矛盾仍然对孙杨的职业生涯产生了一定的影响。