周琦在2023年2月17日恢复了“自由身”，之后他选择加盟了 新疆队。在新疆队，周琦有着出色的表现，他在2019-2020赛季为新疆队出战，场均贡献13.8篮板3.5封盖，是继姚明之后，CBA本土球员首人。此外，周琦还在2020年1月1日入选了CBA2020年广州全明星赛北区全明星阵容，并在2021年3月30日，新疆险胜辽宁的比赛过后，他的CBA生涯篮板球总数达到了2114个，超越了排名第43位的“战胜”、刘玉栋（2011个），逼近姚明。