巴拿马运河两侧水位不同的原因主要有以下几点：
热膨胀和盐分浓度：
海水温度的变化会导致其密度变化，热膨胀使得表层海水密度降低，而深层海水由于流动性差，密度几乎不变，这导致海平面产生高度差。同时，不同海域的盐分浓度不同，也会影响海水的密度。
风应力：
风对海面的作用力可以导致水位倾斜，与风应力保持平衡的水位差异会导致运河两侧水位不同。
科氏力：
地球自转产生的偏向力（科氏力）也会影响水位的分布，与科氏力保持平衡的水位倾斜同样会导致两侧水位差异。
海流影响：
例如，大西洋一侧的圭亚那海流沿巴拿马北侧海域向西流动，这种海流引起的水位倾斜也会影响运河两侧的水位。
潮汐作用：
由于引潮力的作用，海水在日、月持久的引力作用下，海面会周期性地升降。巴拿马运河两端潮汐类型和潮差的差异也会引起运河内部的水位变化。
以上这些因素共同作用，形成了巴拿马运河太平洋一侧比大西洋一侧水位高出大约50厘米的现象