部队耐力训练选择跑步的原因主要有以下几点：

全面锻炼体能：

跑步能有效提高军人的有氧耐力、爆发力、速度、核心力量和灵敏度等素质。在山地进行的越野跑还可以提升官兵在丛林、高海拔地带的奔袭和穿插能力，以及野外生存能力。

增强心肺功能：

跑步不仅锻炼耐力，还增强心肺功能，是提升身体素质的重要手段。优秀的体能基础能帮助军人更好地完成各项训练，并在战场上提供重要的生存优势。

培养意志力和坚韧品格：

跑步训练能够全面锤炼官兵的意志力和坚韧品格，尤其是5公里跑，能够锻炼士兵的耐力和承载能力，适应各种战术的要求，同时培养士兵在压力下保持冷静、坚韧的品质。

提高战斗力：

跑步训练能够提高军人的整体战斗力，优秀的体能基础不仅有助于军人更好地完成各项训练，还能在战场上提供重要的生存优势。

适应战术需求：

5公里跑作为战略战术上的安全折中值，既不会造成体力消耗透支，又能满足训练的需要。通过科学的训练方法、合理的目标设定和持续的努力，官兵可以逐渐提高配速，适应各种战术的要求。

便于组织和管理：

跑步训练易于组织和管理，适合部队集体进行。早上5公里、晚上5公里、武装五公里等训练形式，既能保证训练效果，又能提高训练效率。

综上所述，跑步作为部队耐力训练的重要手段，能够全面锻炼军人的体能，增强心肺功能，培养意志力和坚韧品格，提高战斗力，并适应战术需求，因此被广泛应用于部队的日常训练中。