李世石在2009年6月宣布停职，主要原因是 身心疲惫和 心情原因。他感到身心疲惫，即使参加比赛也难以保持最佳状态，因此需要时间进行休息和调整。此外，李世石还提到，韩国棋士会公开讨论并计划对他进行惩处，这让他感到难以接受和伤心。最终，这些因素促使他下定决心停职一年半。
李世石与韩国棋院之间的矛盾也是导致他停职的原因之一。他坚持自己的立场，拒绝签署著作权授权书，这让他感到在韩国棋界“众叛亲离”。棋士会甚至将他的事情作为一个议案提上去，并在不听取他意见的情况下做出决定，这让他感到受伤和受到沉重打击。
尽管李世石在停职期间仍然参加了一些比赛，如富士通杯和亚洲杯快棋赛，但他明确表示，在停职期间不会参加所有韩国棋战和除上述两项赛事以外的世界比赛。他计划在2011年1月重返棋坛，并在此期间作为外援参加中国围甲联赛。