2008年中国男篮在16强复赛中输给立陶宛男篮的主要原因包括以下几点：

无法限制瓦兰丘纳斯和莫泰尤纳斯：

立陶宛队的瓦兰丘纳斯和莫泰尤纳斯在比赛中表现出色，而当时的中国男篮无法有效限制这两位球员的得分。

姚明状态不佳：

当时的姚明虽然复出参赛，但由于之前的大手术，他的战斗力只有巅峰期的六七成，难以抵挡立陶宛队的多人包夹和防守压力。

西班牙轻敌：

西班牙队在比赛中轻敌，直到被中国男篮打懵了才换上主力球员，这导致比赛前半段西班牙队并未发挥出真实实力。

尤纳斯的战略失误：

尤纳斯在比赛中错误地预估了形势，提前换下了姚明，使得中国男篮在关键时刻失去了关键球员。

整体实力差距：

尽管中国男篮在2008年表现出色，但整体实力仍不如西班牙等强队，而立陶宛队作为欧洲顶级球队之一，实力自然不容小觑。

综合以上因素，中国男篮在2008年输给立陶宛男篮并非偶然，而是由于实力差距、关键球员表现不佳以及战略失误等多方面的原因共同导致的。