孔令辉卸任国乒女队主教练的原因主要涉及其 涉及赌博的丑闻。2017年，新加坡某赌场向香港法院提交诉状，指控孔令辉拖欠赌债贷款，这一事件引发了广泛关注。尽管孔令辉声称自己只是“看热闹”替同伴换筹码，但中国乒乓球协会对此事高度重视，迅速决定暂停他的教练职务，并要求他立即回国接受进一步调查。这一决定反映了国家对于公职人员道德品质的严格要求，孔令辉的行为已经严重违背了社会道德规范，也违背了他作为国家队主教练所应承担的榜样责任。
此外，孔令辉在2006年还曾因酒驾事件引发争议，这些丑闻和负面舆论最终导致他离开了国乒女队主教练的位置。尽管孔令辉在退役后尝试过转型，希望在紫砂壶领域继续发展，但这些事件对他的形象和信誉造成了严重损害，最终导致他被迫离开国乒。
综上所述，孔令辉卸任国乒女队主教练的主要原因是其涉及赌博的丑闻以及后续的负面舆论和道德争议。