本田圭佑的变化可以从多个方面来分析：
身体健康问题
本田圭佑的眼睛突出和消瘦可能是因为他患有甲亢。甲亢是一种甲状腺功能亢进的疾病，会导致新陈代谢加快，从而影响身体和面部的形态。
激光近视手术
2012年，本田圭佑进行了激光近视手术。虽然手术本身通常不会导致眼球凸出，但一些媒体猜测他可能遭遇了其他疾病，使得他的面部变化与手术无关。
职业态度和形象
本田圭佑在职业生涯中一直以特立独行的性格著称，但在AC米兰效力期间，他逐渐变得更加务实和聪明。他的踢球态度和形象也发生了显著变化，更加尊重团队和教练。
教练和球队的影响
AC米兰的主教练因扎吉对本田圭佑的职业态度产生了积极影响。因扎吉的非常职业和尊重球员的态度，使得本田圭佑在圣西罗获得了肯定。
综合以上几点，本田圭佑的变化主要是由于身体健康问题、激光近视手术、职业态度和形象的转变，以及教练和球队的影响。这些因素共同作用，使得他在场上的表现和形象发生了显著的变化。