本田圭佑没有参加某些比赛或活动的原因可能包括以下几点：

伤病

在2014年客场对阵那不勒斯的比赛中，本田圭佑因突患肠胃炎而无缘参赛大名单。

竞技状态

在AC米兰期间，本田圭佑连续3场比赛无缘出场，本赛季只首发出场1次，总出场时间只有81分钟，这可能影响了他在日本国家队的前途。

教练决策

日本国家队主帅哈利霍季奇不赞成本田圭佑去欧洲以外的联赛踢球，这可能影响了他的决策。

国家队机会

本田圭佑在之前12强赛关键战对沙特的比赛中被排除在首发名单外，他对此表示不满，认为教练有责任解释让他坐板凳的原因。

个人选择

本田圭佑可能也在考虑自己的职业生涯和未来发展，选择留在欧洲顶级联赛以保持竞技状态和更高的曝光度。

这些因素共同作用，导致本田圭佑在某些比赛和活动中未能登场。