南通目前有多支足球俱乐部，包括职业俱乐部和业余俱乐部。以下是一些主要的南通足球俱乐部：
南通支云足球俱乐部
成立于2016年1月，是南通首支职业足球队，主场位于如皋奥林匹克体育中心，现征战中国足球协会甲级联赛。
2022赛季冲超成功，但在2024赛季降级至中甲联赛。
2024年11月，与甲府风林足球俱乐部签订了足球业务发展合作框架协议，建立长期战略合作伙伴关系。
南通家纺城足球俱乐部
在南通家纺城杯比赛中获得冠军。
海门竞技足球俱乐部
在南通家纺城杯比赛中获得亚军。
通州闪电足球俱乐部
在南通家纺城杯比赛中获得季军。
在第32届中华杯全国中老年足球赛中获得E组季军。
启东勇敢之心足球俱乐部
蒋锟、徐文荣以及陈正以5粒进球并列最佳射手，陈正同时当选赛事最佳球员。
南通崇川区沐扬足球俱乐部
参加南通足球协会杯的比赛。
启东市足协代表队
参加南通足球协会杯的比赛。
如皋足协乐创队
参加南通足球协会杯的比赛。
南通海安新梦想足球俱乐部
在2023江苏省足球运动协会冠军联赛（苏冠）中夺得冠军。
崇川区小二楼琪骏足球俱乐部
参加南通足球协会杯的比赛。
开发区足协能达俱乐部
参加南通足球协会杯的比赛。
通州区足协通州闪电家纺城足球俱乐部
参加南通足球协会杯的比赛。
如东足协洋口港足球队
参加南通足球协会杯的比赛。
这些俱乐部在各自的赛事中表现出色，为南通足球增添了光彩。