佩佩选择转国籍的原因主要有以下几点：
获得欧盟护照：
佩佩更改国籍的主要目的是为了获得欧盟护照。由于欧盟国家对其他欧盟球员没有外援限制，这使得佩佩在欧洲踢球变得更加方便。
追随前辈德科：
佩佩选择葡萄牙国籍也有追随前辈德科的因素。德科在2006年曾征兆佩佩，虽然佩佩最终选择加入葡萄牙国家队，但这一决定可能也受到了德科的影响。
个人职业规划：
佩佩在职业生涯中可能认为代表葡萄牙国家队能够获得更多的机会和更高的成就。作为巴西人，他在巴西国内可能面临激烈的竞争，而葡萄牙给予了他一个展示自己才华的平台。
情感因素：
佩佩选择葡萄牙国籍可能还受到一些情感因素的影响。据说，他之所以选择葡萄牙，是因为少年时期一个面包店老板的一份厚意，这份恩情让他决定回报，表现出了一种滴水之恩涌泉相报的善良和忠诚。
综上所述，佩佩转国籍的原因是多方面的，包括获得欧盟护照的便利、追随前辈德科、个人职业规划以及情感因素等。这些因素共同促使他做出了这一决定。